2008年，國家將再次對燃料乙醇財政補貼政策進行調整，即實行彈性補貼政策，最終實現燃料乙醇價格完全市場化。

　　2006年，財政部等聯合下發了《關于發展生物能源和生物化工財稅扶持政策的實施意見》(簡稱《意見》)。《意見》稱，將建立風險基金制度與彈性虧損補貼機制。“當石油價格高于企業正常生產經營保底價時，國家不予虧損補貼，企業應當建立風險基金；當石油價格低于保底價時，先由企業用風險基金以盈補虧，如果油價長期低位運行，將啟動彈性虧損補貼機制”。

　　據分析，按新的彈性補貼政策，將根據國內汽油價格變動情況，建立了參考保護價，在燃料乙醇價格低于參考保護價的部分，國家將給予補償，從而使企業最大程度地避免虧損。

　　業內人士分析，實行彈性補貼政策后，企業得到的補貼金額將會逐年下降。專家認為，補貼模式的變化體現了國家將逐步放開，實現燃料乙醇完全市場化。

　　我國自推廣乙醇汽油以來，一直對定點燃料乙醇生產廠家實行財政補貼政策。這是由于我國汽油和燃料乙醇價格都實行國家統一定價，存在價格倒掛狀況。國家規定燃料乙醇價格執行同期公布的90號汽油出廠價乘以價格系數0.911。由于國際油價猛漲，國內油價調整相應滯后，同時玉米價格上漲較多，目前，每銷售1噸燃料乙醇要虧損數百元。

　　現行燃料乙醇行業的補貼政策實行“成本加適當利潤”的原則。2007年國家對乙醇補貼統一減少到每噸1373元，比2006年減少了255元，比2005年減少了500元。

　　按即將出臺的《生物燃料乙醇及車用乙醇汽油“十一五”發展專項規劃》，“十一五”期間我國將生產600萬噸生物液態燃料，其中燃料乙醇500萬噸。截至2005年，我國燃料乙醇年產量約102萬噸。